De speler kan kiezen tussen twee nieuwe detectives die werken in de Criminal Investigation Department Division 1. Nadeshiko Kugatachi, een kalm en serieus persoon wiens geheugen is gewist en Takuma Tsurugi, een heethoofd die op zoek is naar zijn vermiste vriend uit zijn jeugd.
Jij moet besluiten wat de beste keuze is in alle situaties, maar ongeacht de keuze die je maakt, wees voorbereid op de gevolgen. Met een complex systeem in plaats voor het maken van alle beslissingen breng Psycho-Pas: Mandatory Happiness een plot met allerlei twists die naar verschillende eindes kunnen leiden.
