In Ace Combat 3: Electrosphere neemt de speler de plaats in van een straaljagerpiloot die werkt voor een organisatie genaamd "UPEO" en verschillende missies moet volbrengen, bijv. het uitschakelen van een speciaal vliegdekschip of het uitschakelen van vijandelijke satellietsystemen in een baan om de aarde. De speler kan beoordelingen van A tot D verdienen: hoe hoger de beoordeling, hoe groter de kans dat de speler nieuwe soorten vliegtuigen kan bemachtigen. De game heeft veel omgevingen die variëren van normale luchtmissies tot stratosferische missies en zelfs ruimtemissies. Een bijzondere vangst is dat de speler tijdens missies vaak beslissingen moet nemen die de algehele verhaallijn beïnvloeden. Er is ook een automatische pilootfunctie die kan worden gebruikt om te landen of een bestemming te bereiken.
